Chester Bennington đã mô tả về bài hát trong một cuộc phỏng vấn tháng 3 năm 2007 với MTV:

Joe [Hahn] đã tiếp cận Mike và tôi để bày tỏ mong muốn được áp dụng toàn bộ ý tưởng của Minutes to Midnight để mô tả quá trình ban nhạc đã thay đổi như thế nào. Có thể hiểu đó là cách chúng tôi tạm biệt con người cũ của mình...Lời nhạc trong khổ đầu là 'In this farewell, there's no blood, there's no alibi,' (Trong cuộc chia ly này, không có đổ máu, không có ngoại phạm) và ngay lập tức bạn sẽ nhận thấy âm nhạc của chúng tôi đã khác: Tiếng trống nghe thô hơn, tiếng guitar nghe thô hơn và phần hát không được tăng âm. Chỉ có chúng tôi ở đó .... đúng như ý muốn của Rick Rubin.[5]

Đĩa đơn và video đã xuất hiện trên iTunes Store ngay sau nửa đêm Múi giờ miền Đông ngày 2 tháng 4 năm 2007. Bài hát đã được phát trực tuyến trên trang nhất của trang web chính thức của họ, với video được thêm vào trang web ngay sau đó.

Bài hát bắt đầu với phần guitar ngắn 3 giây, sau đó là đoạn mô-típ piano, rồi đến một đoạn trống theo phong cách hip hop, và tới đoạn riff guitar thô. Khi bài hát được trình diễn trực tiếp tại các buổi hòa nhạc của Linkin Park, Mike Shinoda sẽ chơi phần piano mở bài và sau đó chơi guitar. Bài hát này khác với hầu hết các bài hát của Linkin Park trong các album trước ở chỗ hầu như Mike Shinoda không góp giọng, ngoại trừ một đoạn điệp khúc ngắn "na na na" ở cuối. "What I’ve Done" là bài hát cuối cùng được sáng tác cho Minutes to Midnight. Bài hát cũng có nhịp xuống chính xác mỗi giây một lần, nhất quán trong toàn bộ bài hát.

Mike Shinoda đã tạo ra một bản phối lại của bài hát, được gọi là "What I’ve Done (Distorted Remix)". Nó được đưa vào B-side của "Bleed It Out". Bản phối lại sau đó đã được đưa vào chuyến lưu diễn quốc tế của Minutes to Midnight, cũng như được đưa vào trong CD Underground X: Demos độc quyền của Linkin Park.[6]